La malacologie (du grec ancien μαλακός malakos, mou) est la branche de la zoologie consacrée à l'étude des mollusques.

Une subdivision de la malacologie, la conchyliologie, est consacrée à l'étude des mollusques à coquille. Une autre, la teuthologie, est consacrée à l'étude des céphalopodes.

Cette discipline est souvent divisée en malacologie continentale et marine. Sur les continents les mollusques aquatiques constituent à eux seuls un champ d'étude particulier.

Les malacologues contribuent aux inventaires de biodiversité, dans le cadre d'observatoires de la biodiversité ou d'études d'impact par exemple. En outre, les mollusques peuvent être utilisés comme bioindicateurs environnementaux, et permettent donc de détecter la présence de perturbateurs endocriniens.

En archéologie, la malacologie est couramment employée pour connaître l'évolution du climat, du paysage ou de l'usage d'un site, ou encore le débit et la température d'un cours d'eau. À tel point que cela a donné naissance à une discipline particulière, rattachée à l'archéozoologie : l'archéomalacologie.

La malacologie est aussi associée à l'étude de divers phénomènes de symbiose et de parasitisme dont les mollusques peuvent être victimes et/ou vecteurs. Elle contribue ainsi à l'étude des interactions durables entre espèces dans l'environnement.

Certains mollusques ont aussi localement été utilisés pour leurs qualités de biointégrateurs pour évaluer la pollution du milieu en métaux lourds.

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