Un arbre de Porphyre (en latin arbor porphyriana) est une ontologie structurée en arborescences hiérarchiques, inventée par le philosophe néoplatonicien Porphyre au iiie siècle, et dont la logique de construction correspond à trois rangées ou colonnes de mots : la rangée du milieu contient les séries du genre et de l'espèce, et forment l'analogue d'un tronc ; les rangées de gauche et de droite contiennent les différences, et sont analogues aux branches d'un arbre. Ce système de classification permet de subordonner les genres et les espèces sous des genres supérieurs, afin de classifier les espèces réelles, par exemple les espèces animales.

L’arbre de Porphyre est nommé ainsi d'après le philosophe néoplatonicien Porphyre, qui écrivit une Introduction aux Catégories d’Aristote (Isagogè). Cet ouvrage fut traduit en latin par Boèce et devint un manuel philosophique de référence au Moyen Âge. Dans son Introduction, Porphyre présente les bases de la logique d'Aristote sous la forme d'un schéma aux divisions dichotomiques, formant des arborescences, pour indiquer qu'une espèce est définie par genre et différence (ou différence générique), et que ce procédé continue jusqu'à ce que l'on ait atteint l'espèce la plus spécialisée. L'arbre de Porphyre a aussi été appelé scala praedicamentalis (« échelle de la prédication »). Il a longtemps été appris par les étudiants en logique.

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