Extraire « la substantifique moelle » de quelque chose, c'est en retenir ce qu'il y a de meilleur, de plus précieux ou de plus profond.

Dès la fin du xiie siècle, le mot « moelle » désigne, en plus de la substance molle que l'on trouve à l'intérieur des os, ce qu'il y a d'essentiel, en particulier dans une œuvre de l'esprit.

Cette expression devint célèbre en 1534 lorsque François Rabelais l'utilisa dans le prologue de son deuxième roman Gargantua.

Cette expression est couramment utilisée :

dans son sens tel qu'imaginé par François Rabelais : une métaphore qui désigne ce que le lecteur actif doit extraire ou comprendre dans le texte qu'il lit, ce qu'il peut découvrir entre les lignes, le sens parfois caché du texte.

et par extension, la substantifique moelle est la quintessence des choses, ce qu'elles ont de meilleur.

Plus d'info : fr.wikipedia.org