La mer Ionienne est une partie de la mer Méditerranée située au sud de la mer Adriatique.

On ne connaît pas avec certitude l'étymologie du terme « Ionienne » qui n'a pas de lien avec la province d'Ionie en Asie mineure, si l'on en croit le poète Eschyle qui, dans Prométhée, explique ce nom à partir de la déesse Io, l'une des conquêtes amoureuses de Zeus. Changée en génisse, Io aurait traversé cette mer à la nage selon ce mythe.

La mer Ionienne sépare la péninsule du Salento, la Calabre et la Sicile en Italie à l'ouest, du sud de l'Albanie et de la côte nord-ouest de la Grèce à l'est. Elle est reliée par le détroit de Messine, qu'elle inclut, à la mer Tyrrhénienne, et par le canal d'Otrante à la mer Adriatique.

C'est dans la mer Ionienne que se trouvent les fosses les plus profondes de la Méditerranée (la fosse Calypso, au large de la Grèce, en détient le record).

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