Le Rhin prend sa source dans les Alpes suisses, dans le canton des Grisons. Le cours officiel du Rhin débute à la source du Rhin antérieur, qui ne prend le nom de « Rhin » qu’à partir de son confluent avec le Rhin postérieur.

Il fait ensuite un passage par les deux parties du lac de Constance : d’abord l’Obersee (« lac supérieur »), puis reprend une allure fluviale sur 4 km sous le nom de "Rhin du lac", pour aboutir au « lac inférieur »

Puis, il continue vers l’ouest par les chutes près de Schaffhouse et conflue avec l'Aar, au débit supérieur, en amont de Bâle. Par le coude du Rhin de Bâle, le fleuve tourne au nord pour devenir la frontière naturelle entre la France et l'Allemagne sur sa partie Est.

À Mayence, il reçoit le Main et tourne à l'ouest, où il grossit de la Lahn par l'est et de la Moselle par l'ouest à Coblence.

À Bonn, ancienne capitale de l'Allemagne de l'Ouest, il entre dans la plaine avant de traverser Cologne, puis Düsseldorf, . À Duisbourg, où se trouve le plus grand port fluvial européen le Rhin reçoit la Ruhr puis à Wesel, la Lippe. Peu après Emmerich, il entre aux Pays-Bas et finalement se jette dans la mer du Nord

Son lit traverse ou longe six pays : la Suisse, le Liechtenstein, l'Autriche, l'Allemagne, la France10 et les Pays-Bas. Il constitue une frontière naturelle entre la Suisse et le Liechtenstein, en grande partie entre la Suisse et l'Autriche, entre l'Allemagne et la Suisse et, en partie, entre l'Allemagne et la France.

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