Recommandé par l'astronome Lalande (né à Bourg en Bresse), Commerson est désigné comme naturaliste pour accompagner Bougainville dans son voyage autour du monde. Il embarque en 1766 avec sa compagne, Jeanne Barret qui se fait passer pour son valet. C'est lors de l'étape du Brésil qu'il découvre la Bougainvillée, arbuste baptisé en hommage au capitaine de l'expédition.

Il arrive en 1768 à l'île de France où il rencontre Pierre Poivre , intendant de la colonie. Il participe à l'expédition de Poivre destinée à obtenir des pieds de plantes produisants des épices (les Néerlandais ayant le monopole de leur culture). Pierre Sonnerat l'assiste durant cette expédition. En 1773, il visite Madagascar et l'île Bourbon. Il meurt, épuisé par le voyage, à l'île Maurice.

Philibert Commerson laisse de nombreux manuscrits et un très important herbier au Muséum national d'histoire naturelle. Mais l'histoire ne peut pas rendre véritablement justice à son œuvre car une grande partie d'entre elle a été soit perdue (une grande partie des plantes qu'il récolta en Amérique du Sud n'est jamais arrivée), soit utilisée à leurs propres comptes par d'autres naturalistes. Ainsi, ses manuscrits sont intégrés par Lacépède dans ses propres œuvres. Quant à ses poissons, ils sont retrouvés près de 70 ans plus tard, rangés dans une caisse dans le grenier de Buffon , et seront enfin décrits par André Duméril . Son destin n'est pas sans rappeler celui de Johann Reinhold Forster .

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