La couleur des yeux est un caractère héréditaire influencé par plus d'un gène. Il existe deux gènes majeurs et d'autres plus mineurs qui permettent d'expliquer la variation chromatique des yeux chez l'être humain.

Chaque gène possède deux allèles, l’un qui provient du père, l’autre de la mère. Si les deux allèles sont identiques, la caractéristique issue de cet allèle s’exprimera (donc yeux bleus + yeux bleus = yeux bleus). S’ils sont différents, l’allèle que l’on appelle dominant s’imposera sur l’allèle que l’on appelle récessif, et c’est l’allèle dominant qui donnera sa caractéristique.

La couleur des yeux dépend des gènes des deux parents. Le marron étant dominant, un parent ayant des yeux de cette couleur peut néanmoins être porteur d'un allèle « bleu ».

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