Une Église autocéphale est une Église chrétienne, relevant du christianisme dit oriental, dont la théologie comme l'ecclésiologie est réglée en fonction de son adhésion à deux, trois ou sept des conciles christologiques et qui jouit d'une indépendance totale, sur le plan juridique comme sur le plan spirituel, par rapport à une quelconque autorité.

Comme son nom l’indique, elle n’entre pas dans une structure hiérarchique ; son patriarche, son pape (Église copte orthodoxe) ou son Catholicos (Église apostolique arménienne) est la seule autorité qui s’exerce. Toutefois, pour les Églises des sept conciles une primauté d’honneur est reconnue au patriarche œcuménique de Constantinople, conformément au canon du concile de Chalcédoine en 451.

Selon son rayonnement ou son importance historique, une Église autocéphale peut porter le titre de patriarcat ou d'archevêché et est alors dirigée respectivement par un patriarche ou un archevêque. Elle peut avoir compétence sur d'autres Églises qui sont dites Églises autonomes. Elle en désigne les primats qui sont alors des archevêques.

Dans l'ancien système de la pentarchie, chaque Église patriarcale possédait l'autocéphalie ; en cas de désaccord entre les Patriarches, l'empereur tranchait, comme ce fut le cas jusqu'au premier concile de Chalcédoine.

L'autocéphalie est revendiquée depuis le xxe siècle par certaines églises parallèles schismatiques de l'Église catholique romaine pour marquer leur rejet de la primauté de juridiction du pape.

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