L’université Jagellon de Cracovie fondée en 1364 par le roi de Pologne Casimir III le Grand sous le nom d'Académie de Cracovie est la plus ancienne université d'Europe centrale après l'Université Charles de Prague.

Son nom actuel de Jagellon est celui de la dynastie royale qui régna sur la République des Deux Nations (Pologne-Lituanie) et dont le premier roi Władysław II Jagellon, refonda l'université d'une manière durable en 1400.

En 1817, l'université prit le nom de Jagellon en l'honneur de cette dynastie de rois de Pologne. Tout au long de son histoire, l'université attira des milliers d'étudiants venus de toute l'Europe. Au cours de la seconde moitié du XVe siècle, près de 40 % des étudiants venaient de l'étranger. Au cours des siècles, presque toute l'élite intellectuelle polonaise y fut instruite.

En 1939, les Allemands menèrent l'Opération Tannenberg, dont le but était l'extermination des cadres de la société polonaise. À Cracovie, le chef la Gestapo demanda au recteur de réunir tous les professeurs de l'université. Venus de bonne foi, ils furent arrêtés, puis déportés au camp de concentration de Sachsenhausen.

Aujourd’hui, l'Université compte seize facultés, dont trois facultés de médecine regroupé dans le Collegium Medicum. Environ 50 000 étudiants s'y inscrivent chaque année, dont 65 % sont des femmes.

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