En biologie, un agent pathogène au sens le plus ancien et le plus large est tout ce qui peut produire une maladie ; le terme est entré en usage dans les années 1880. Généralement, le terme est utilisé pour décrire un agent infectieux tel qu'un virus, une bactérie, des protozoaires, un prion, un champignon ou un autre micro-organisme. Il existe plusieurs substrats, y compris des voies d'accès où les agents pathogènes peuvent envahir un hôte. Les principales voies de transmission ont des calendriers épisodiques différents, mais la contamination du sol présente le potentiel le plus long ou le plus persistant d’héberger un agent pathogène. Les maladies causées par des organismes chez l'homme sont appelées maladies pathogènes.

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