Les ectomycorhizes sont une forme de symbiose mycorhizienne entre certaines espèces de champignons et environ 10 % des espèces végétales vasculaires. Elles seraient apparues sur Terre il y a environ 150-220 millions d’années.

Au Dévonien, il y a 380 millions d'années, la lignine fit son apparition, permettant à certaines espèces végétales en possédant d'atteindre de grandes tailles. En se décomposant, les tissus de ces végétaux produisirent d'importantes quantités de déchets ligneux.

À peu près à la même époque, les basidiomycètes et les ascomycètes, champignons capables de décomposer la lignine, divergèrent des gloméromycètes, qui formaient déjà des mycorhizes arbusculaires. Les espèces végétales qui ont évolué de manière à former une symbiose avec les champignons décomposeurs de lignine, ont ainsi pu coloniser des substrats peu favorables aux mycorhizes arbusculaires, c'est-à-dire des substrats dont la richesse en phénols et en tannins a permis l'accumulation de matière organique en préservant cette dernière des bactéries. De plus, grâce à leur capacité à altérer les minéraux (voir plus bas), les champignons ectomycorhiziens ont permis la colonisation de certaines assises rocheuses.

Il semble que l'apparition des ectomycorhizes se soit faite indépendamment à plusieurs reprises au fil du temps

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