Betsiboka est un fleuve du nord de Madagascar qui a donné son nom à la région homonyme.

Il se jette à Majunga, dans la baie de Bombetoka, qui est en fait son estuaire. Il se distingue par la couleur rouge de ses eaux, causée par les sédiments : le fleuve porte d'énormes quantités de limon orange rougeâtre à la mer. Beaucoup de ce limon se dépose à l'embouchure de la rivière ou dans la baie.

Il se produit un phénomène d'érosion très évident et catastrophique au nord-ouest de Madagascar. La suppression de la forêt au profit de l'agriculture et de l'élevage au cours des 50 dernières années y provoquent aujourd'hui l'effritement de près de 250 tonnes par hectare annuellement dans certaines zones de l'île ; c'est le bilan le plus lourd enregistré dans le monde.

Il est navigable jusqu'à Ambato-Boeny avec des embarcations de 20 tonnes.

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