Une encéphalopathie est une maladie de l'encéphale. Le mot a été formé par Louis Tanquerel des Planches au XIXe siècle à partir des racines grecques enkephalos (« cerveau ») et pathos (« ce qu'on éprouve, souffrance »).

Il désigne toute affection encéphalique d'origine toxique dégénérative ou métabolique, par exemple l'encéphalopathie hépatique due à un dysfonctionnement du foie, ne faisant plus son rôle d'épuration, l’ammoniac n'est plus éliminé par celui-ci et entraîne des troubles cognitifs ou encore les encéphalopathies spongiformes à prions telles que la maladie de la vache folle ou la CWD.

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