L'église Saint-Thomas est une église protestante située au bord de la rivière de l'Ile à Strasbourg en France.

Fondée au VIIe siècle par l'évêque Saint Florent. Détruite par des incendies en 1007 et 1144, la reconstruction débute en 1196. Elle est construite dans les styles roman tardif et gothique. En 1524, l'église est assignée au culte luthérien et a pu conserver son titre d'église protestante jusqu’à aujourd'hui.

Le maréchal Maurice de Saxe est enterré dans le chœur de l'église. Un sarcophage roman contenant la dépouille de l'évêque Adeloche est exposé dans le transept.

Le grand orgue a été construit par Jean André Silbermann en 1741.

L'église Saint-Thomas ainsi que la rosace datant du XIIIe siècle sont classés monuments historiques depuis 1891. Le sarcophage, le grand orgue et les trois lustres de la nef sont également classés.

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