À Bagdad, les premières pharmacies, ou apothicaires, ont été créées en 754, sous le califat des Abbassides, au cours de l'âge d'or islamique. Au IXe siècle, ces pharmacies étaient réglementées par l'État. Les progrès réalisés au Moyen-Orient en matière de botanique et de chimie ont amené la médecine de l'Islam médiéval à développer considérablement la pharmacologie. Muhammad ibn Zakarīya Rāzi (Rhazes) (865–915), par exemple, agissait pour promouvoir les utilisations médicales de composés chimiques. Abu al-Qasim al-Zahrawi (Abulcasis) (936–1013) a été le pionnier de la préparation de médicaments par sublimation et distillation. Son Liber servitoris présente un intérêt particulier, car il fournit au lecteur des recettes et explique comment préparer les "simples" à partir desquels ont été ajoutés les médicaments complexes généralement utilisés. Sabur Ibn Sahl (d 869) fut cependant le premier médecin à initier une pharmacopoedia, décrivant une grande variété de médicaments et de remèdes contre les maux. Al-Biruni (973–1050) a écrit l'un des ouvrages islamiques les plus précieux sur la pharmacologie, intitulé Kitab al-Saydalah (Le livre de la drogue), dans lequel il a détaillé les propriétés des médicaments et décrit le rôle de la pharmacie, ses fonctions et ses devoirs. du pharmacien.

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